L’interprétation des données biologiques (abondance, répartition...) sur les poissons migrateurs nécessite la connaissance de leurs habitats et milieux de vie. Ainsi, les études sur la quantité, l’accessibilité et la qualité des habitats de vie des poissons sont essentielles pour mieux comprendre les tendances démographiques des espèces ainsi que les pressions que subissent ces populations au niveau local. Ce sont des paramètres qui sont étudiés sur le bassin Seine-Normandie, mis en relation avec le cycle de vie des migrateurs amphihalins et les obersavtions biologiques.
Différents types de suivis «milieux» sont menés par SEINORMIGR et peuvent se distinger en 3 catégories à ce jour:
- La cartographie des habitats : permet d’estimer la quantité et la qualité des habitats favorables à l’espèce cible.
- L’étude de la thermie des cours d’eau : permet de connaître l’évolution de la température de l'eau et les éventuelles pressions qui en découlent.
- L’étude du colmatage et du concrétionnement des cours d’eau : permet de connaître la qualité du substrat sur les zones favorables à l’espèce et d’en évaluer une potentielle altération de son milieu de vie.





Le concrétionnement, particulièrement présent sur les sols calcaires, amène une rigidification et une uniformisation du substrat. Ce phénomène dégrade et agglomère le substrat initialement mobile, et altère ainsi la qualité des subtrats notamment lors de la nidification. Ce phénomène bien que naturellement présent, apparaît également comme l'une des conséquences de l'eutrophisation des cours d’eau et des usages anthropiques.