Les mouvements dénombrés par le système de vidéo-comptage des Claies-de-Vire révèlent un contingent important d’espèces migratrices, où prédomine largement la Grande Alose avec plus de 5000 individus enregistrés en moyenne sur les cinq dernières années. D’autres populations amphihalines, notamment salmonicoles sont également installées et fonctionnelles sur le bassin comme le Saumon atlantique avec 409 individus dénombrées annuellement en moyenne depuis 2014. Les effectifs de truite de mer se limitent à une centaine de poissons par an en raison d’un déficit en habitats propices à la reproduction et/ou à la perte de fonctionnalité de ceux-ci mais aussi probablement l’arrêt des soutiens d’effectifs de truite fario à l’aide d’une souche scandinave au caractère migrateur prononcé.
Les Pétromyzontidés sont également représentés, principalement par la lamproie marine avec plus de 100 individus contrôlés annuellement en moyenne, population souffrant probablement d’une gestion des ouvrages défavorable à la réalisation de leur cycle de l’espèce. L'année 2019 a été très mauvaise pour l'espèce car aucun individu n'a été dénombré. Les quelques lamproies fluviatiles dénombrées, sont observées fixées sur les aloses remontant, dont les zones de reproduction sur le bassin sont bien en deçà de celle de leurs passagers...