Sur cette rivière touristique à la forte fréquentation halieutique, seules les deux espèces de salmonidés migrateurs sont identifiées en montaison au droit de la station de comptage : majoritairement la truite de mer et plus accessoirement le saumon atlantique.
Les mouvements de truite de mer représentent 99 % des effectifs contrôlés annuellement avec plus de 5600 remontées annuelles en moyenne, pour seulement une trentaine de saumons. La Touques offre quasi-exclusivement des faciès d’écoulement et des substrats plus favorables à la truite de mer qu’au saumon. De même que les températures de cette rivière calcaire excluent aloses et lamproies.